2013年3月1日 星期五

視覺(vision)的奧秘 3-1-2013

 
 

      視覺(vision)的奧秘 3-1-2013

  據科學家估計,人每天接受外界的各種刺激,其中大約70%~80%是經由視覺(vision)傳導到我們的大腦皮質。由此不難想像大家把眼睛稱為「靈魂之窗」絕對是當之無愧的。

    話說平均距離地球一億五千萬公里外的太陽,經過核融合反應,產生不計其數的光子(photons)。有些光子在經過八分半鐘的太空旅行,照射到地球表面,再經地表物體的反射後,有些光子進入我們的眼睛,於是我們就看見了影像。

    聽起來好像就是這麼簡單一回事,而實際上這是一連串複雜到令人難以置信的反應之綜合,容我簡述如下:

一、光線→視網膜(retina)

二、調視反射(Accommodation reflex)

三、光能轉換成電能

四、 接受器電位→視覺傳導路徑→大腦皮質(主要在枕葉)

五、On-centersOff-centers

 


1. 眼球的立體結構圖。


一、光線→視網膜(retina)

這一部分經過的解剖構造,完全像以前須用底片的單眼相機。試比較如下:

瞳孔(pupil)─→水晶體(lens)─→視網膜(retina)

光圈(aperture)─→鏡頭(lens)─→底片(film)


2. 光線→視網膜(retina)的解剖構造與單眼相機相同。



3. 眼球部份之視覺傳導。

角膜為前面約六分之一透明的鞏膜(其餘的鞏膜為白色,也就是俗稱的眼白。)


二、調視反射(Accommodation reflex)

1. 眼睛能清楚的看遠看近的機制。

2. 以遠距離視覺(far vision)→近距離視覺(near vision)為例說明

   (1)動眼神經(oculomotor nerve)興奮性增加。

      1睫狀肌(ciliary muscle)收縮→懸韌帶舒張→水晶

        體弧度增加。

      2虹膜上的環狀肌(circular muscle)收縮→瞳孔縮小。

   (2)內聚運動(convergence):由內直、上直、下直三對眼外肌共

      同收縮,使兩眼的瞳孔(pupils)間距離靠近。


睫狀肌及虹膜上之環狀肌,為人體內相當特殊的多單位平滑肌,人體中一般的平滑肌,像組成消化道壁或膀胱壁的平滑肌收縮速度較慢,但睫狀肌及虹膜上之環狀肌則能非常快速的收縮,以快速產生調視反射(accommodation reflex)讓我們看遠看近立即都能調節的一樣清晰!

 


4. 調視反射(accommodation reflex):上圖為看近物時之調視;下圖為看遠物時之調視。


三、光能轉換成電能:

    這部分有點像物理學上的光電效應,但是光電效應只是光子的能量激活了電子。(光電效應,各位網友最熟悉的舉例,就是我們幾乎每天都在使用的遙控器原理。)

    光能在視網膜上的光接受器(photoreceptors)包括視桿細胞(rods)及視錐細胞(cones)中如何轉變成電能(接受器電位)?比光電效應要複雜許多。

    最少牽涉到十步以上的化學反應,而每一步驟化學反應的反應時間都在nano sec到μsec之間,因為都是極快速的反應,所以我們只要一睜開眼,不到0.1秒就能看見而且看清影像。十步以上的化學反應所以能極快速的發生,是因為每一步都有酵素(enzymes)的催化,這些不同的酵素都須不同的基因(genes)表現,不同的genes又存在於不同的染色體上,各位網友想想,是一種甚麼樣的機制(mechanism)?能使這一切過程發生得井然有序,絲毫不亂呢?

    所以常常聽朋友說起:只要到了細胞學以下的層級,達爾文(Charlies Darwin)那一套「物競天擇,適者生存」的演化理論就完全的不管用了。換言之,這一連串複雜的生化反應,到底是如何分秒不差,按步就班的完成的,至今仍是個天大的謎。


5. 光接受器(photoreceptors)─視桿細胞(rods)及視錐細胞(cones),在視網膜上的位置。中央窩(central fovea)是視覺最敏銳處。


四、 接受器電位→視覺傳導路徑→大腦皮質(主要在枕葉)

    很多網友都有玩數位相機的經驗,就算這種高科技的現代產物,當我們在照遠照近,或拍照太亮太暗的景像時,我們常常還是必須撥到不同的選擇鈕,這樣才會攝得理想的照片。

    而我們的視覺徑路就只有一種,然而數位相機上的所有功能它幾乎都完全涵蓋,而且不用做任何按鈕的切換。如何經由視覺傳導路徑產生立體影像?如何增加明暗之間的對比?如何過濾雜訊?這是視覺中最精彩的部份。只是容許我賣個關子,除非網友對視覺生理學有相當程度的了解,例如何謂視區(receptive field)它又可細分好些種類:最基本的是On-center; Off-center etc.否則這一部份請讓我們將它視為奇蹟吧!


6. 視覺傳導路徑(visual pathway)


    各位網友一定注意到:因為我們人類或是生態學上的肉食性獵食者(predators),因為需很精準的測量與獵物間的立體距離,所以兩眼位於同一平面,這樣看到的視野(visual fields)能夠重疊,就可以產生立體視覺。反言之,獵物(preys)往往兩眼在頭部兩側,這樣雖然犧牲了立體視覺,可是可增加視野(visual fields)的廣度,增加了偵測到獵食者(predators)的機率,這是演化上又一個「物競天擇,適者生存。」的實例。


7. 獵物(preys)往往眼睛在頭部兩側,這樣雖然犧牲了立體視覺,可是可增加視野(visual fields)的廣度,增加了偵測到獵食者(predators)的機率。



8. 植食性動物(Herbivores)眼睛的瞳孔呈長條形,一方面低頭吃草時,仍可監測獵食者(predators)的動靜,另一方面增廣可看到的視野(visual field),類似相機的廣角鏡頭一樣。
圖片來源:http://www.turbosquid.com/3d-models/maya-herbivore-eyes-pupil/320623



五、On-centersOff-centers


圖9. On-center Off-center的排列與分佈,會影響視覺敏銳度(Visual Acuity)的示意圖。這其中牽涉到兩極細胞(Bipolar Cell)、水平細胞(Horizontal Cell)、節細胞(Ganglion Cell)甚至更多位於視網膜上細胞的相互作用,相當的複雜!最聰明的想法,還是讓我們視為奇蹟吧!


    從在國立陽明醫學大學生理學課堂上教醫科牙科同學開始,到後來在補習班教要考生理學研究所的大學畢業生為止,「視覺」一直是我最有興趣的範疇,也最能把這些高材生唬得一愣一愣的。幾乎每一班教完,都會有比較調皮的同學來問:「老師,你講的視覺機制,到底是在講真的還是在呼嚨我們呀?」,天地良心,當然是講真的。只是有時我自己也會捫心自問,這一連串近乎不可能完成的過程,真的是一步一步演化而來的結果嗎?

    想起在網路上看到的一則小故事:美國的一個小學老師問學生,在他們心目中世界上最偉大的奇蹟是甚麼?現在的小朋友活潑、自信又常識豐富,馬上就有一堆答案出來:

        有人說是美國的大峽谷。

        有人說是埃及的金字塔。

        有人說是中國的萬里長城。

        更有人說是祕魯印加帝國的馬丘比丘古城。

突然一個女同學小小聲的說:「我認為世界上最偉大的奇蹟是,我們能看見這個世界。」小小年紀,話語居然充滿禪機。一時間全班鴉雀無聲,老師也不知如何講評。但是各位網友,如果當時我在場,我一定會舉雙手贊成那小女生的說法:「Yes, We can see something, is truly the biggest miracle of the world.

2013年2月27日 星期三

誰是地球上最早出現的生物?2-27-2013

 


誰是地球上最早出現的生物?2-27-2013

    長久以來心中一直縈繞著一個困惑,為何有那麼多中文的網頁都說:「地球上最早出現的生物是藍綠藻()?」;而反觀英文的網頁卻又完全不是那麼一回事?請看(1.)



1. 英文的網頁認為藍綠藻(blue-green algae)出現於first life之後,顯然藍綠藻非最早出現的生物。

圖片來源:http://williambrownscienceoflife.com/?page_id=201

    最近翻閱了若干國中的教科書,終於明白了,因為國中生物或地球科學教科書上清楚的寫到:根據目前所發現的化石,最早可回溯到大約30多億年前的藍綠藻。」

    凡事必有因,為何國中的生物或地球科學教本,會有如此奇怪的敘述呢?故事的緣起是在1980年,美國洛杉磯加州分校(UCLA)的一位古生物學家蕭夫博士(Dr. J. William Schopf)及他的團隊,在澳洲西部一個當地原住民稱為Warrawoona Formation的岩層中,宣稱發現一些類似藍綠藻的化石,而且這些岩層非常古老,估計有35億年的歲月。隔年(1981)十月號的《科學的美國人》;(Scientific American)David I. Groves 等人就以《一個早期蘊含生命的棲所》《An Early Habitat of Life》報導了此一發現。

David I. Groves, John S. R. Dunlop, and Roger Buick. 1981 (Oct).

"An Early Habitat of Life." Scientific American 245(4):73.

    七年後蕭夫博士(Dr. Schopf)及他的研究生Bonnie M. Packer聯合在198773號的〈Science〉期刊上發表了一篇正式的學術論文:太古宙早期(33億到35億年前)從澳洲Warrawoona地層獲得的微化石。

J. William Schopf and Bonnie M. Packer. 1987 (Jul 3).

"Early Archean (3.3-Billion to 3.5-Billion-Year-Old) Microfossils from Warrawoona Group, Australia."

Science 237:70, 72.

    1993 Schopf教授又在1993430號的〈科學〉期刊上再度撰文,強調他的重大發現,並附上更詳細的描述。蕭夫博士說在這些燧石切片標本中,他們不但發現生命的跡象,而且發現多達15種似絲狀藍綠藻微生物(trichomic cyanobacterium-like microorganisms)的化石。



2. 1993Dr.Schopf發表於〈Science〉上的圖,黑底為光學顯微鏡下的照片,白底為翻畫的藍綠藻圖。

圖片來源:http://gerdapeacheysviews.wordpress.com/mistaken-microfossils/

J. William Schopf. 1993 (Apr 30).

"Microfossils of the Early Archean Apex Chert : New Evidence of the Antiquity of Life."

Science 260:640, 642f.

    一開始有些古生物學家,懷疑蕭夫博士這些證據薄弱的微小化石(Microfossils)的真實可靠性,可是說也奇怪若干年後,卻變成了一般生物學教科書普遍接受的觀點。

    甚至包括我們國中的生物學教本也如此敘述:「地球上最早的化石發現於澳洲西部,是屬於藍綠藻的化石。」

    在此,我先想讓網友們瞭解一下,這些墨黑色,長度約2040μm,寬度約2μm的所謂似藍綠藻化石的顯微照片,是如何拍得的。然後您可能就會有一些自己的想法,這樣的實驗結果是否有點太粗糙了些?或其他?

一、先將內含化石的燧石(chert)標本切成300μm的薄片:




3. 將內含化石的燧石(chert)標本切成300μm的薄片。

二、切好後將薄片打磨數小時,直到成透明狀:





4. 將薄片打磨數小時,直到成透明狀。

三、放置於光學顯微鏡下觀察。

5. 放置於光學顯微鏡下觀察。

    2002年,牛津大學以Martin Brasier為首古生物學家團隊,在〈Nature〉期刊上發表了一篇文章,他們到澳洲在同一地區的岩層做了一系列而且更廣泛的分析,他們的結論是:那些看來像是微小化石(microfossils)的結構,其實只是石墨(graphite)經長時間變化後的次級產物(secondary artefacts),而非如蕭夫團隊宣稱的擬似藍綠藻的化石。文章發表於200237日的〈Nature〉題目是《對地球上最古老化石証據之質疑?》;《Questioning the evidence for earth’s oldest fossils?》 Nature 416:76f



6. Martin D. Brasier博士團隊發表在200237日〈Nature〉期刊論文的第一張圖。標明當年Dr.William J.Schopf採集標本的位置是在4Dr.Brasier團隊他們的採集範圍是19。顯然Dr.Brasier團隊的採集範圍要廣泛許多。

    這事情就這樣成為懸案了嗎?當然不是,科學家都有打破砂鍋問到底的精神。2011318號的〈自然 地球科學〉;〈Nature Geoscience〉期刊,發表了一篇美國堪薩斯州立大學Alison Olcott Marshall博士的論文,堪薩斯州立大學擁有美國最先進,解析力最強的雷尼紹拉曼光譜儀(Renishaw Ramen Spectrometer)

    堪薩斯州立大學的馬紹爾(Marshall)地質學副教授團隊,也來到西澳當年Dr. Schopf同樣的採集地點,Marshall指出,我和同事們來到Warrawoona Formation地方的岩層進行採樣,我們找到了之前Dr. Schopf的微生物化石採集點,以每間隔10公尺的距離進行採樣,以便從中密集分析這些化石中是否有微生物的形成。

    然後他們將這些岩層樣本運回堪薩斯大學進行進一步的分析研究,研究人員們將:

1. 有些燧石樣本切割成300μm薄度的切片,這是之前Dr. Schopf研究人員進行實驗的切割薄度。

2. 有些燧石樣本切割成30μm薄度的切片,如此可使更多的光線透過薄切片,當然用普通顯微鏡進行觀測時,可看到更清晰的影像。

Dr. Marshall說︰「我們能夠看到之前實驗未看到過的多種類型紋理及詳細的結構狀況。」Alison Olcott Marshall又說︰我們並未發現任何微生物化石跡象我們僅是發現貌似生命跡象的礦石,但之前它卻被古生物界視為地球上最古老的生命體。


7. Marshall副教授指導的研究生Julienne Emry 拍攝的燧石顯微照片,我們一般人當然無法做專業的判斷,只不過此照片怎麼看也不像藍綠藻的化石(請參考圖8.)Photomicrograph of clast in rock showing features under discussion (arrows point to some of these) (Photo by Julienne Emry)


 


8. 藍綠藻()之一種。

    接下來,研究人員使用最先進精密的雷尼紹拉曼光譜儀(Renishaw Ramen Spectrometer)進行分析,該儀器是堪薩斯州大學專門用來從事古生物化石研究的。Marshall說︰「我們用激光轟擊樣本切片,誘導切片中的分子微粒發生震動,同時將該切片用不同波長光線散射照射。這種方法可適用於分析不同的礦物質或者不同的有機物質,同時也可使用該方法鑒別樣本的成份。」

    Dr. Schopf的論文中聲稱:「藍綠藻化石中,發現證實生命存在跡象的類碳物質。」,Marshall強調說:「我們的最新研究顯示岩石樣本切片中確含有碳質元素,但並不是之前Schopf研究中具有含碳物質的微生物結構。」

    科學的進展過程上有不同意見應該是很好的事情,同行間的爭執辯論常常更是科學進步的原動力。我只能執筆到此,剩下來就請有興趣的網友們,做一個小心謹慎的判斷吧!

    誰是地球上最早形成的生物化石?厚壁細菌?非綠硫菌?綠硫菌?變形細菌?還是藍綠菌()?或其他不能產生氧氣的細菌最早?

    國中的教科書只憑著一家之言,驟然就下定論!總讓人覺得太草率了些。

2013年2月26日 星期二

誰是地球演化史上最早出現的光合作用生物?2-26-2013

 

 

誰是地球演化史上最早出現的光合作用生物?

請大家先看一段短文出自:康軒教師網國中館

『國一第一章的圖上標明最早發現的生物化石是38億年前與95年度35億年前有異?請問是否有何新的發現?所以做此更改?
在年代的第一章圖1-1並無標明最早發現的生物化石是38億年前,而是約38億年前,地球上出現最早的生物.....,這是因為目前發現最早的生物化石為藍綠菌(35億年前),但是最早生物的出現應該比35億年前更早,藍綠菌並非地球上最早的生物,而是目前發現最早的生物化石,詳細資料可以查閱Campbell Biology。 』

    在此先說明本人無意對任何人任何事,有所批評有所comments。只是看了一篇有關原核細胞光合作用的演化及藍綠藻or(cyanobacteria)的英文文章,覺得很有些見地,在此轉訴此高人的一些說法,如此而已。

    首先說明為何引用上康軒教師網國中館的短文:因為該短文中提到Campbell先生等人寫的Biology,此本教科書是我讀之最詳的生命科學,其書中有些圖之精彩,幾乎可以用「嘆為觀止」來形容。可是可能是考慮到讀此書的對象是以大學生為主,有些事就不可能寫得太詳細了。

    Campbell書後面的Index查了一下,只查到書上在原核細胞的分類時,有一個很詳細的表,說明依rRNA的核苷酸序列異同,將細菌分成五大類,然後表格中只有提到藍綠藻(cyanobacteria & 變形細菌(proteobacteria)而已,所以康軒教師網國中館的敘述說詳細資料可以查閱Campbell Biology。此敘述明顯得有誤導大家之嫌。

    然而無意間看到的這篇文章首先有一個很詳盡的原核細胞(prokaryotes)光合作用的演化圖,覺得很可以給有興趣的網友們參考:

 


1. 能行光合作用的五大類細菌,以及原核細胞(prokaryotes)光合作用的演化圖。


原文題目:Evolutionary Relationships Among Photosynthetic BacteriaOrigin of Photosynthesis.

首先作者提出能行光合作用的五大類細菌包括:

(Within prokaryotes, photosynthetic capability is present within five major groups of bacteriaJ

1.  Firmicutes or the low G+C Gram-positive bacteria (Heliobacterium)厚壁細菌門,

2.  Chloroflexi or Green nonsulfur bacteria非綠硫菌,

3.  Chlorobi or Greensulfur bacteria綠硫菌,

4.  Proteobacteria變形細菌 and,

5.  Cyanobacteria藍綠菌.

然後作者指出,只有藍綠菌()是原核生物中,唯一具有兩個反應中樞(Reaction Centers)的,因此才能光解水產生氧氣。也就是說很顯然眼話如果尊循由簡到繁的路徑的話,在原核細胞的演化上,不可能驟然就出現藍綠菌()


2. 藍綠藻()之一種。

    接著提出蠻多証據說明,厚壁細菌門(Firmicutes)為何是最早行光合作用的原核生物?然後是非綠硫菌(Chloroflexi)第三名才輪到藍綠菌(Cyanobacteria)的原因。

  至於原因為何?請讀者參考在下另一篇BLOGGER文章,或逕看原文。

《地球上最早出現的生命?地球上最早存在的化石?》


  此文讓我感動的是,短短不到千字的短文,確附上了相當有程度的26Selected References

  何其有幸能漫遊廣大無邊的網路世界,然後越發覺得自己的渺小,越發覺得「人外有人,天外有天。」

2013年1月25日 星期五

對科學人期刊《眼睛的演化》一文的不同看法!

 

對科學人期刊《眼睛的演化》一文的不同看法!
 
 

    最近拜讀了20117月,科學人期刊澳洲Trevor D. Lamb博士寫的《眼睛的演化》一文[1][2],通篇大部分在討論脊椎動物眼睛的演化過程,有些論點別出心裁,相當具有創意。只可惜最後結論時畫蛇添足,讓人覺得多此一「提」,觀念的錯誤令人讀了不勝惋惜。

    Lamb博士應該是研究脊椎動物眼睛演化方面的翹楚,別有創意的從八目鰻、盲鰻眼睛的差異,做了一些對脊椎動物眼睛演化的精彩推論!

    只可惜隔行如隔山,在文章最後他提到:「即使演化巧奪天工地創造了脊椎動物的眼睛,仍有些地方顯得粗糙。舉例來說,

1.  視網膜的裡外裝反了,導致光線在抵達感光細胞前,必須先穿過視網膜中的神經叢和細胞,而這個過程造成光線散射,降低影像品質;

2.  視網膜內表面的血管叢也會在感光細胞層造成多餘的陰影;

3.  視網膜上有個盲點,神經纖維在那兒集結並穿過視網膜,往後方延伸為視神經。

這樣的例子不勝枚舉。」

    顯然Dr. Lamb在結論提到的「三點眼睛演化的瑕疵」都跟眼睛的解剖生理有關,而在這方面,本人在陽明醫科大學任教醫科牙科及研究所同學時正好稍微有些心得,所以實在很難認同Dr. Lamb對眼睛所謂「三點眼睛演化瑕疵」的論點。讓我逐項反駁說明如下:

1.  我們視覺的敏銳度(Visual Acuity),並非單單只在視網膜決定而已。更包括複雜的視覺傳導徑路也參與。

先由視桿細胞(Rods)、視錐細胞(Cones)以及兩極細胞(Bipolar

   Cells)共同形成視區(Receptive Fields),即所謂的On-Center

   Off-Center等,經由它們精巧的立體排列,可以大幅增加影像的

   明暗對比和影像的清晰。

   而且正好跟Dr. Lamb的論點相反的是:在視網膜上存在大量的神

   經膠細胞─密勒細胞(Muller Cell),其功能如下

1.  供給視網膜神經細胞養份、

2.  胚胎發育時幫助視神經細胞生長、

3.  有助受傷視神經細胞的修復、

4.  固定維持視神經細胞的位置,

5.  最重要的是透過複雜的光聚集作用,使照射到視桿、視錐的光

   更清晰更集中(channel light through the retina directly to the

   photoreceptors)

6. 因為Muller cell的保護作用,能減少 紫外線對視桿、視錐的傷害。而完全不是如Dr. Lamb所說的…光線散射,降低影像品質?[3]


1. 視網膜的顯微剖面圖。NFL神經纖維層( nerve fiber layer); GCL,神經節細胞層 (ganglion cell layer); IPL( inner plexiform layer); INL( inner nuclear layer); OPL( outer plexiform layer); ONL( outer nuclear layer of the retina);

Orange色─密勒細胞(Müller cells); red色─中間神經原及神經節細胞interneurons and ganglion cells; blue,感光細胞 (photoreceptor cells).



2. 橙色的密勒細胞(Müller cells)貫穿整個視網膜,角色是

1.營養視神經細胞、

2.固定支持視神經細胞、

3.聚集光線等多項功能的卡通圖。


 

2.  從沒看過有任何一本神經解剖學的教科書,提及…視網膜內表面的血管叢會在感光細胞層造成多餘的陰影…如此的論點,這不用講高深的理論,請各位網友抬頭四處張望一下就好,您眼睛有看到多餘的陰影嗎?

3.  視網膜上確實有個盲點(Blind Spot),可是除非進行專門的眼科檢查,人一輩子可能都感覺不到盲點(Blind Spot)的存在,既然對視力毫無影響,請問這樣那能算是眼睛演化的缺點呢?

4.  Dr. Lamb行文最後還這樣結尾…這樣眼睛演化缺陷的例子不勝枚舉。我真的是引頸盼望,Dr. Lamb還能舉出更多一些對眼睛演化缺陷的驚人之語,以長見聞?只可惜例子並不是「不勝枚舉」而是根本很難舉得出來了!

    科學人期刊,可能是當今台灣最暢銷的科普期刊,誠不願優秀的莘莘學子們,不明就裡的被誤導而觀念錯誤,是為文。

參考文獻:

1.  Lamb, T. D. 2011. Evolution of the Eye. Scientific American. 305 (1): 64-69.

2.  藍姆(Trevor D. Lamb)撰文,張薰文翻譯 眼睛的演化 科學人 201111 50-55

3.    Franze, K. et al. 2007. Müller cells are living optical fibers in the vertebrate retina. Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (20): 8287-8292.